Rovnako tak, kukuričný etanol nemusí byť tak šetrný k životnému prostrediu, pretože väčšina ľudí myslí. Ak rafinérie otočil každý klas kukurice v Spojených štátoch na etanol, by nahradiť iba 12 percent benzínu [zdroj: Brune]. Poľnohospodári používajú mnoho fosílnych palív rast a procesné etanolu z obilnín, čo spôsobuje zvýšenie emisií skleníkových plynov. Z farmy na plynovou nádržou, kukuričný etanol vyrába len 15 percent menej skleníkových plynov v atmosfére, ako ekvivalentné množstvo benzínu [zdroj: Tillman a Hill].
Niektoré biocrops môže tiež negatívne ovplyvniť divokú zver. Vedci z University of Wisconsin-Madison hovoria, že počet druhov vtákov v hornej Midwest by mohla znížiť medzi 7 a 65 percent, ak sa poľnohospodárom rastlín kukurice a ďalšie ročné energetické plodiny. Vedci tvrdia, že mnoho druhov, vrátane vtákov, ako žiť v oblastiach s rôznymi flóry. Výsadba radové plodín vo veľkom meradle, ako je sója a kukurica, by sa znížil vtáčie biodiverzity, hovoria [Zdroj: Tenenbaum].
Odborníci tvrdia, že ak sa rozhodneme naše energetické plodiny múdro, majú potenciál poskytnúť svet s energiou šetrné ku klíme. Ale miliónov dolárov otázka je naozaj, ktoré biocrops by sme mali pestovať, a kde by sme mali pestovať?