Vo voľbách, ktoré sa konalo v júni 1993, Hutuové vyhral presidentství a kontrolu parlamentu. V októbri, prezident bol zabitý Tutsi armádnymi dôstojníkmi v prevrate, a násilie vypuklo medzi Huty a Tutsiov, opúšťať niektoré 100.000 mŕtvych. Ťah prepadol, a Hutu-vládol vláda zostala vo Pawera až do roku 1996, kedy bol zvrhnutý armádou.
V roku 2000, vláda a niekoľko povstalecké skupiny podpísali mierovú dohodu. V roku 2001, prechodné ústava bola prijatá, a Buyoya stal prezidentom prechodnej vlády. V februári 2005, voliči schválili novú ústavu, ktorá zaručuje ako Hutu a Tutsi určitý podiel legislatívnych kresiel, poštám skrinky a vojenskej role. V júli roku 2005, voľby boli držané pre Národné zhromaždenie a Senát. V septembri 2006, vláda a jediný zostávajúci skupinou rebela, Národno oslobodeneckej sily (FNL), podpísala dohodu o prímerí.
