Etnické a náboženské rozdiely medzi Azerbajdžanci a Arménmi v tejto oblasti viedol k napätiu medzi oboma skupinami. Napätie vzrástol v neskorej 1980 a boje vypukli v Náhornom Karabachu, prevažne arménskej regiónu v Azerbajdžane. V roku 1990 sovietski vojaci boli poslaní do regiónu, aby obnovil poriadok.
V priebehu rokov 1990-91, stúpajúca nacionalizmus skrz zväzových republík postupne nahlodal autoritu sovietskej centrálnej vlády. V roku 1991 sa zrútil Sovietsky zväz a Azerbajdžan stal sa nezávislý. Tiež ten rok, Azerbajdžan pripojil Spoločenstva nezávislých štátov (SNŠ), voľné konfederácia bývalých sovietskych republík. V priebehu roku 1992 bojov medzi Azerbajdžanci a Arménmi v Náhornom Karabachu intenzívnejšie.
V júni 1992, Abulfez Elchibey sa stal prvým populárno zvolený prezident Azerbajdžanu. V priebehu roku 1993 azerbajdžanské sily utrpel niekoľko hrozivých porážok v rukách rebelov Arménov, ktorí zachytil všetky Náhornom Karabachu a častí okolitých oblastí. V lete roku 1993, Elchibey bol zvrhnutý frakciu v ozbrojených silách. Heydar Aliyev bol menovaný úradujúci predseda, a v októbri 1993, bol zvolený prezidentom. Na jar roku 1994, prímerie bola dohodnutá medzi Azerbajdžanci a povstaleckými Arménmi.
