V roku 1888 Brunej, Sarawak a Severnej Borneo stalo britskej protektoráty. O štyri roky neskôr bola stanovená hranica medzi britskými a holandskými majetkov na ostrove. Počas druhej svetovej vojny niektoré z pobrežných oblastí na Borneu obsadili Japonci. V roku 1946 Sarawak a Severnej Borneo boli britskej kolónie, ale Brunei zostal britský chráneného sultanát. Holandský Borneo sa spojil s Sumatra, Madura, a Java v roku 1949 tvoriť Indonézii.
V roku 1963 Sarawak a Severnej Borneo (premenoval Sabah) pripojil Malajsko a Singapur pri vytváraní nezávislej krajine Malajzii. Indonézia opozície k vytvoreniu Malajzia viedla k ozbrojenom konflikte na Borneu; bojovanie skončilo v roku 1966. Brunej získala nezávislosť v roku 1984.