českej reformácie
V roku 1310 na český trón prešiel na člena rodiny Luxemburgovcov, potom zastáva funkciu cisára Svätej ríše rímskej. Za cisára Karola IV (1347-78) Bohemia splnila svoj zlatý vek. Univerzita v Prahe, ktorá bola založená v roku 1348, bol prvý univerzita v strednej Európe. Duševnú činnosť viedla k náboženskému rozkolu, ktorý sa stal rozšírený pod vedením reformátora John Huss (1369? -1415). Zradený Žigmundom, ktorý mu sľúbil bezpečné správanie na cirkevný snem obhajovať svoje názory a potom sa nechá rade zatknúť ho pre kacírstvo, Hus bol upálený na hranici. To vyvolalo povstanie tým Husových nasledovníkov, ktorí požadovali obaja náboženské a politické reformy, a keď Žigmund zdedil český trón v roku 1419, odmietol uznať nového kráľa. Výsledné Husitské vojny skončila v roku 1434, len ak rada kostola súhlasil, že prijme umiernených husitov ako členovia katolíckej cirkvi.
A husitský šľachtic, Jiří z Poděbrad, bol zvolený kráľ Čech v 1458 V roku 1462 pápež Paul II ho zosadil, a znovu sa bojovalo. George získal trón s podporou z Poľska, a na jeho smrti opustil trón poľského kniežaťa, Ladislava II, ktorý sa čoskoro stal monarchom Maďarska tiež. Keď sa Ladislas syn a nástupca bol zabitý v roku 1526 boji s Turkami, obaja tróny prešiel sobášom Ferdinanda Habsburského, arcivojvoda Rakúska a od roku 1556, cisára Svätej ríše rímskej. Od tej doby habsburského panovníka Rakúska bol tiež monarcha Čech.
A náboženský konflikt medzi prevažne protestantské obyvateľstva Čiech a katolíckych Habsburgovcami viedli v roku 1618 k vypuknutiu vojny tridsaťročnej. Bohemians boli totálne porazení katolíckymi silami a stratil takmer všetky hlas vo vláde svojej krajiny. Všetky protestantské cirkvi boli postavené mimo zákon. Český (respektíve moravskej) Bratia, cirkev založil husitmi, bol takmer zničený.
Doby habsburskej
Perzekúcia protestantov v Čechách jeho habsburských panovníkov, vyústila v masové emigrácii českých aristokratov a obchodníci. Ich miesta odfotil prisťahovalci z katolíckych regiónoch Nemecka a ďalších habsburských domén. Nemec sa stal jazykom vyšších tried. Populácie, o 3.000.000 v roku 1618, klesol na asi 800000 od roku 1654, len šesť rokov po konci vojny; viac ako 550 miest bola opustená.
habsburskej pravidlo v Čechách bol zvýšene autokratic
