Exilu v Anglicku
Queen Elizabeth, hoci priateľský k škótskym šľachticom, neschvaľoval zvrhnutie zákonného monarchu a nechá svoju sesternicu zostať v Anglicku. Avšak, Elizabeth mal ju držal vo virtuálnej väzení. Mary čoskoro sa stal centrom radu katolíckych pozemkov zvrhnúť Elizabeth a Márii umiestniť na trón. V niektorých ona hrala priamu úlohu; v iných to neurobila, že len zameranie na plotry.
Prvý pozemok, v roku 1569, produkoval povstanie katolíckej šľachty v severnom Anglicku. Oni boli rýchlo porazení, a niektoré 800 rebeli boli obesení. Európsky parlament vyzval na poprave Márie, ale Elizabeth odmietol. V 1571 Roberto Ridolfi, taliansky bankár v Londýne a tajnej pápežský špión, vymyslel sprisahanie s cieľom zavraždiť Elizabeth, majú španielska silu napadnúť Anglicku, a položte Márie na trón. Sprisahania bolo objavené, a vojvoda z Norfolku, čo je kľúčový spiklenec, bol sťatý. Európsky parlament vyzval Elizabeth, aby prijali opatrenia proti Márii, ale ona odmietla.
Marie bola účastníkom Throckmorton sprisahania (1583), ktorá vyzvala k invázii Francúzska a Španielska v jej mene. Jej účasť v roku 1586 v systéme (ďalej len Babington sprisahanie) zavraždiť Elizabeth ukázala jej skazu. Mary bol súdený a uznaný vinným z vlastizrady, a Európsky parlament znovu požiadal Elizabeth pre jej vykonanie. Po určitom váhaní kráľovná podpísala rozsudok smrti, a Mary bol sťatý u Fotheringham zámku 8. februára, 1587.