Otto napadol južnom Taliansku v snahe získať späť túto plochu pre ríšu. Vzhľadom k imperialistickej politiky Otta, Innocent exkomunikoval ho v 1210 a podporoval Frederick II, syn Henry Vi, pre korunu v 1212. Občianska vojna znovu vypukla v Nemecku. Otto bol podporený King John Anglicka, grófa z Flámska, a Guelph frakcie. Fridrich získal podporu pápeža, kráľa Filipa II Francúzska a Ghibelline frakciu. V bitke pri Bouvines v 1214, Otto bol rozhodne porazený francúzštinou. Bol nútený odísť do Brunswick v 1215. Page
[1] [2]
podporovaný Otto o trón. Avšak, súper nárok Philipom Švábska vrhol Nemecko do občianskej vojny. Philip bol zabitý v 1208, a v roku 1209 Otto bol korunovaný na cisára Pope Innocent III.