Len 41 dní neskôr , Johnson bol prezident Spojených štátov. Dňa 15. apríla, on bol oficiálne informovaný o svojom nástupníctvo po smrti Lincolna. Sľub kancelárie bola podaná vo svojej hotelovej izbe Najvyššieho súdu Salmon P. Chase. Zatiaľ čo robí nie "sľuby alebo sľuby, "Johnson sa na prvý pohľad zdalo horké smerom k juhu, a bol spomenie ako porekadlo," Zrada musí byť neslávny, a zradcovia musí byť potrestaný a chudobných. "To presvedčení, že Radikálne republikáni, ktorí riadili Congress, že sa podelili o svoje odhodlanie zaviesť kruté pravidlo na porazenej Konfederácie.
Avšak potom, čo šok z atentátu ustal, Johnson ukázal, že má v pláne nasledovať zmierovacia politiky Lincolna smerom k juhu. Povedal, že to bolo jeho predmetom "uniknúť z područia momentálnej vášní a odvodiť hojivé politiku zo základných a nemenných princípov ústavy."
Základné pojmy z oblasti politiky Johnsona boli oznámené v dvoch proklamácií vydanom 29. mája 1865. Prvý udelil amnestiu pre všetkých, ale najvýznamnejším bývalými spoločníkmi. Druhý obnovil civilnú vládu v Severnej Karolíne, predpovedať podobné opatrenia pre ostatné Confederate štátov. Radikáli, viedol Thaddeus Stevens v dome a Charles Sumner v Senáte, odsúdil to, čo považuje za prezidentovu zhovievavosť, sa obávať, že juh znovu získa veľa z toho, čo to stratila počas vojny.
Začiatok v roku 1866 kongres začal odovzdať účty, ktorých cieľom je obmedziť program prezidenta. On vetoval týchto opatrení. Avšak, potom, čo radikáli získali priaznivcov vo voľbách 1866, väčšina návrhy zákonov boli prijaté cez jeho veto. On tiež postrádal Lincolna obratnosť na politické manévrovanie. Radical program uvedené v dvoch Rekonštrukcia účtov prešiel v marci 1867, vyzval na vojenskej vláde na juhu, disenfranchisement bývalých rebelov, a neobmedzený volebného práva pre černochov. Tiež k ďalšiemu oslabeniu výkonnú moc, schválil Kongres, že funkčné obdobie zákona zakazujúce predsedu z vybratí z kancelárskych úradníkov, ktorí bol menovaný s potvrdením senátne. Všetky tieto návrhy zákonov boli prijaté po Johnsonovom veta.
Po smrti Lincolna, Johnson presvedčil zavraždeného prezidenta kabinet, aby aj naďalej slúžiť pod ním. Minister vojny Edwin M. Stanton, však, bol spoj
