Kritické Years
V 1685 starého priateľa Penn vojvoda z Yorku, nastúpil na trón ako James II. Použitie jeho vplyv s kráľom, Penn získal prepustení z väzenia mnohých Quakers. Avšak, jeho blízke priateľstvo s katolíckou kráľom vzbudilo podozrenie proti nemu. Keď bol James zvrhnutý v skvelej revolúcii 1688, Penn bol v neistej situácii. Niekoľkokrát sa musel odpovedať na obvinenia zo zrady, a v roku 1692 bol zbavený svojho guvernéra Pensylvánia.
Nasledujúci rok Penn vydal knihu náboženských maxím, niektoré druhy ovocia samoty, a eseje na mieru v ktoré on navrhol vytvorenie medzinárodného parlamentu. Nakoniec zbavený obvinenia proti nemu, bol obnovený k jeho governorship. V roku 1697 sa predstavil na londýnskej Board of Trade plán na zjednotenie americkej kolónie.
Later Aktivity
V roku 1699 Penn vrátila do Ameriky. On obnovil svoje staré zmluvy s indiánmi a robil nové. V roku 1701 pomohol pripraviť chartu výsadách, revidovanú ústavu pre Pennsylvania, za ktorých bola kolónie riadia až do americkej revolúcie. V roku 1701 anglický parlament sa sťahoval do prevziať všetky súkromne držaných americkej kolónie, a Penn sa vrátil do Anglicka, aby ochránil svoju vlastnícke právo.
Jeho záverečná rokov, strávených v Anglicku, bol ustarostený. Na nejaký čas on bol uväznený vo väzení pre dlžníkov. V roku 1712, pri príprave preniesť svoje kolóniu britskej vláde, on dostal mŕtvicu blokovacie. Po jeho smrti venture Pennsylvánia prešiel na jeho vdove a potom sa k svojim synom.
V roku 1984 čestné občianstvo bola zverená Penn a jeho manželka, Hannah, zo strany Spojených štátov.