Hádky medzi guvernérmi a františkánskych misionárov cez indickom politickom brzdili rozvoj. V roku 1680 Pueblo šaman menoval pápež viedol svoj ľud do vzbury, zabíjanie 400 osadníkom a jazda zvyšok späť do El Pasa. To nebolo až do 1692-96 že Don Diego de Vargas dobyl znovu v Novom Mexiku.
španielčina nájazdy pre otrokov vyprovokoval Apačov na nepretržitom nepriateľstvo. Tým, 1706 Komanči začala nájazdy do Nového Mexika. Francúzska invázie z Louisiany sa hovoril v 1720 Pedro de Villasur viedol výpravu ho splniť a bol prepadnutý Pawnees, len tucet mužov unikať. V roku 1779 guvernér Juan Bautista de Anza porazil Comanches. Kampane proti Apačov, 1775-90, uspel v prinášaní dočasný pokoj.
Prevod Louisiany do Spojených štátov v roku 1803 bol videný ako nové hrozby pre španielskej vláde. Zebulon M. Pike a jeho skúmanie skupina 1806-07 boli zajatí, odprevadil späť k Louisiana územia, a prepustený. Španielske úrady boli menej úspešní v zastavení horských mužov (lovci kožušín), ktorí uskutočnili Taos svoje sídlo.
Mexické Dobové
Mexiko osamostatnila v roku 1821 a Nové Mexiko sa stal mexický provincií. (To bol určený územia v roku 1824 a oddelení v roku 1836), v roku 1821, tiež, William Becknell prišiel do Santa Fe od Franklina, Missouri, nad Santa Fe Trail, začatím pozemné obchod, ktorý čoskoro stal nesmierne ziskový.
Pueblo Indiáni sa vzbúril v roku 1837, vzal Santa Fe, a inštalované José Gonzales Taos ako guvernér. Bol porazený a zabitý mexickými vojakmi v roku 1838, a autorita mexická vláda bola obnovená. V roku 1841 novej republiky Texase, ktorý sa vzbúril proti Mexiku, poslal výpravu vojakov a obchodníkov do Nového Mexika. Jej cieľom bolo prevziať obchodného centra Santa Fe a vytvoriť autoritu Texase v Novom Mexiku, východnej časti, z ktorých Texas vyhlásil za súčasť svojho územia. Texans boli podrobení New Mexico milície a nedokázal dosiahnuť ich ciele.
V roku 1846 vojna medzi Mexikom a Spojenými štátmi začali, a armáda brigádneho generála Stephen Watts Kearny vzal Santa Fe. On pochodoval na do Kalifornie, opúšťať Williama Bent ako Governor a okupačných síl pod velením plukovníka Sterling Price. Pueblo Indiáni sa vzbúrili a zabili guvernéra ohnutá v Taos. Vojaci cena a milície spoločnosť horských mužov čoskoro potlačil povstanie. Ostatné Indiáni pokračovali útočiť, a vojská Spojených štátov boli čoskoro bojovať Navahos a Jicarilla a Mescalero Apačov.
USA Územie
Nové Mexiko
