Kuvajt invázie do Iraku v roku 1990 viedol k vojne v Perzskom zálive z roku 1991. K ochrane Kuvajtu od irackej invázie a riadiť Iračanov z Kuvajtu, vojenská koalícia vedená USA poslal vojakov do Saudskej Arábie. Rozhodnutie saudskou vládu, aby umožnili americkej vojakov v Saudskej Arábii, kde moslimskí najsvätejšie miesta sa nachádzajú sa nespochybňujú bin Ládina. Bin Ládin a al-Kájda radikálne rozšírila svoje ciele po vojny v Zálive perzská z roku 1991. Žiadali, že zahraničný vplyv by mali byť odstránené z moslimských krajín. Aktivity Bin Ládin v porovnaní so saudskou vládu prinútil ho nájsť úkryt mimo Saudskej Arábie. On žil v Sudáne od roku 1991 až do roku 1996, kedy bol vylúčený sudánskou vládou, ktorý bol vyvíjaný tlak zo strany Spojených štátov a Saudskej Arábie. On potom presunul základňu do Afganistanu, kde žil pod ochranou Talibanu, ktorý bol konzervatívny islamská skupina, ktorá mala kontrolu nad väčšinou z danej krajiny.
Spojené štáty americké a spojenecké sily naďalej hľadať bin Ládinom a iní vodcovia Káida po páde Talibanu. Hoci mnohé z vodcov boli zajatí alebo zabitý, iní vodcovia, vrátane bin Ládinom, stále zostávajú na slobode. To je veril, Spojenými štátmi a ďalšími úradníkmi, že bin Ládin sa skrýva pozdĺž pohraničnej oblasti medzi Afganistanom a Pakistanom. Od roku 2001 je počet zaznamenaných audio a video vyhlásenie pripísať bin Ládina boli vysielala arabských vysielacej stanice, a to najmä zo strany al-Džazíra.