Po voľna spustiť Biogen, Gilbert sa vrátil k Harvarde v roku 1985. On pokračoval vo vyučovaní a V roku 1987 bol menovaný vedúcim katedry bunkovej a vývojovej biológie. On tiež pokračoval v jeho výskum génovej štruktúry a produkciu proteínov z rekombinantných organizmov. V neskorý 1980, on sa stal zástancom Human Genome Project, ktorého cieľom bolo sekvenciu a mapovať celý ľudský genóm, alebo 46 ľudských chromozómov.
V roku 1992, Gilbert založil súkromnú spoločnosť s názvom Myriad Genetics , Inc. Myriad bol zapojený do úsilia o sekvenciu ľudského genómu. V roku 1996 sa stal výkonným riaditeľom spoločnosti Net-Genics, farmaceutické biotechnologickú spoločností. V roku 2001, on vzal voľno z Harvardu sa pripojiť rizikového kapitálu firmy s názvom BioVentures Investori so sídlom v Cambridge, Massachusetts.
Gilbert bolo udelené čestné tituly od Columbia University, University of Chicago, a University of Rochester. V roku 1991 bol menovaný čestným kolegami z Trinity College v Cambridge University. Je členom Národnej akadémie vied, Americkej akadémie umení a vied, American Society of Biological lekární a americkou fyzickú spoločností. On je zahraničný členom britskej Kráľovskej spoločnosti.
Gilbert získal mnohé ocenenia okrem Nobelovej ceny. V roku 1968 dostal Cenu Nadácie Steel USA molekulárnej biológie Národnej akadémie vied. V roku 1979, s Frederick Sanger, on prijal Albert Lasker základného lekárskeho výskumu Award. On bol udelil New England Podnikateľ roka ocenenie v roku 1991.