V roku 1928, Condon pripojil Columbia University ako lektor vo fyzike. Neskôr toho istého roku, sa stal asistentom profesora fyziky na Princetonskej univerzite. Budúci rok učil fyziku na univerzite v Minnesote. On sa vrátil do Kolumbie v roku 1930, kde zostal až do roku 1937.
Condon vyvinula väčšina z jeho originálnych príspevkov k rozvoju teoretickej fyziky, zatiaľ čo v Princetone. Jeho interpretácia s vysokou energiou protónov rozptylu objasniť jadrový veľkú silu, ktorá poskytla základ pre moderné jadrové teórie a dramaticky ovplyvnil rozvoj výskumu v atómovej energie. Bol tiež príspevkov v hmotnostnej spektroskopie molekúl a v chápaní quantum mechanická základe molekulárnych vibrácií meraných pomocou infračervenej spektroskopie a otáčanie svetla molekúl.
V roku 1937, Condon presunutá do Pittsburghu vstúpiť do Westinghouse Electric a Manufacturing Corporation ako námestník riaditeľa výskumu. Pomohol viesť spoločnosť do jadrového veku tým, že zlepší a zameraním základnej jadrovej výskumné programy. V skoro 1940, on bol poradcom pre národnú obrany výskumného výboru a prispieva k rozvoju vzdušné radarové systémy na použitie v druhej svetovej vojne (1939-1945). On tiež pomáhal založiť laboratória radiácie na Massachusetts Institute of Technology (MIT). Tiež v skoro 1940, Robert Oppenheimer menovaný Condon spolupracovník riaditeľa potom-tajomstvo Los Alamos laboratórium, kde on aplikovanej jeho prácu na hmotnostnej spektroskopie k oddeľovanie izotopov uránu pre atómové zbrane. Od 1943-1945, pôsobil v ožarovacie laboratória v Berkeley na hmotnostnej spektrometrie uránu výťažkov pre atómové bomby. Po vojne, Condon začal písať a hovoriť v snahe vzdelávať verejnosť o politických rozhodnutí o vojenské využitie jadrovej energie. Veril, že civilné kontrola nad vývojom a výrobou jadrových zbraní bol jeden z kľúčov k zamedzeniu jadrovú vojnu.
V roku 1945 sa stal riaditeľom Národného úradu pre štandardy a pracoval ako poradca vedy do osobitného výboru Senátu na jadrovú energiu, ktorej predsedá senátor Brian McMahon. V roku 1946, zákon McMahon-Douglas založil civilné k
