V roku 1865 Bernard najslávnejšia kniha, Úvod do štúdia experimentálnej medicíny, bol vydávaný. V tom on argumentoval, že liek by postupovať len vtedy, ak na základe experimentálne fyziológie. On tiež vyvrátil predstavu o "životné sila" ako uspokojivého vysvetlenia pre život. Navrhol myšlienku "vnútorného prostredia" - skladajúci sa z humoru (krv, hlien, cholera [žltej žlče], a melanchólia [čierna žlč]), krv a lymfa, ktorá zostáva stabilná aj cez zmeny v a bez organizmus. Keď je táto stabilné prostredie narušená, organizmus okamžite nastaví o obnoviť. Kniha viedla k jeho voľbe do Francúzskej akadémie.
V 1870, Bernard začal výskum v novej oblasti, ktorá viedla k vydaniu, po jeho smrti, o životných javov, ktoré sú spoločné pre zvieratá a rastliny. Bernard zomrel 10.2.1878 v Paríži, ochorenia obličiek. On bol prvý francúzsky vedec, ktorého výsledky boli oslavované sa štátnym pohrebom.