Werner, čo je druhé dieťa, a jediný syn, narodil Abraham David a Regina (Holštajnsko) Werner. Werner otec, čo inšpektorom na vojvodu z Solm je železiarní. Pred vstupom do školy vo veku 9, Werner, čo učil doma u svojho otca a súkromného učiteľa. V roku 1764, Werner matka zomrela a otec zariadil pre administratívne pozície u železiarní. O päť rokov neskôr, Werner Vstúpil do Freiberg School of Mines s úmyslom pripraviť o prácu v oblasti riadenia železiarní. Avšak, on zmenil jeho smer a rozhodol sa študovať právo na kariéru v ťažobnom službe Saska. V roku 1771 prešiel na univerzite v Lipsku, kde sa mal najprv tried v práve. Avšak po prvých dvoch rokoch, on stal sa čoraz väčší záujem o štúdium histórie jazykov. Tak začal naháňať mineralógie štúdia, téma robil jeho otec povzbudil, pretože on bol chlapec. Werner odišiel Lipsku v roku 1774, bez toho, aby zarábať titul.
Po uverejnení Wernera prvej knihy o mineralógiu v roku 1774, ho odporučil bývalý učiteľ z Werner je pre pozíciu ako učiteľ baníctvo a kurátorka zbierky minerálov v Freiberg School of Mines. Werner začal prácu v roku 1775 a zostal tam až do jeho smrti v roku 1817. V priebehu svojej kariéry, Werner pokračoval revidovať jeho schému minerálne spisový, s revíziami publikovanej v roku 1789, 1816 a 1817. V najstaršej verzii sa zaoberá 183 druhov, zatiaľ čo V poslednej sa vzťahuje na 317. V prvej polovici roka 1800 videl niekoľko anglické preklady jeho kníh.
Werner bol veľmi považovaný vedec, ktorý mal veľký vplyv v celej Európe. Patril k množstvo organizácií vrátane geologické spoločnosti Londýna, Národného ústavu a Inštitút Impérial Francúzsko, Imperial spoločnosť fyziky a medicíny Moskvy, Kráľovskej pruskej akadémie vied, a Wernerian spoločnosť Edinburghu.
Keď zomrel, Werner vľavo z jeho majetku do Freibergu, škole, kde sa učil za jeho života v dospelosti kompletný.