Keď vojna skončila v roku 1945, on sa vrátil do Anglicka, aby slúžil ako riaditeľ pre atómovú energiu Research Establishment v Harwell. Cockcroftovho vzal vedúcu úlohu v utváraní politiky Anglicka jadrovej energie. Veril, že jadrová energia by mohla byť zdrojom lacné elektriny a videl, že vízia realizovaná v skoro 1950, kedy bola zahájená stavba na svete je prvý jadrovej elektrárne v Calder Hall v severnom Anglicku, v roku 1954, Cockcroftovho stal členom novo vytvoreného Atomic Energy Authority (AEA). O päť rokov neskôr sa stal prvým majstrom Churchill College of Cambridge University, zatiaľ čo pokračuje slúžiť ako člen part-time AEA. Page
[1] [2]
prijal miesto s ministerstvom zásobovania. Na konci roka 1940, sa stal hlavným dozorcom protivzdušnej obrany pre výskum a vývoj Establishment. Počas vojny, Cockcroftovho dohliadal na vývoj krátkovlnného radaru, ktorý hral dôležitú úlohu v anglických úspešnej protilietadlovej obrany proti Nemecku. Cockcroftovho opustil Anglicku kvôli Montreale v Kanade, v roku 1944, dohliadať na atómovej energie divízii Národnej rady pre výskum tejto krajiny a Chalk River Laboratory, kde stál na čele skupiny, ktorej úsilie prispeli k Manhattan projekt, tajný program, Spojené štáty, aby vyvinuli z atómová bomba.