Nepôvodné druhy uvedené na ostrovy. - Či už dnes, keď lietadlo pristane, alebo pred stovkami rokov, kedy prieskumníci pristál - súťažiť s endemickou divokú zver pre jedlo. Vezmite kozy, napríklad. Hŕstka kôz boli prinesené na ostrove Santiago v roku 1800 a je teraz počet sa odhaduje na 100,000. Galapágy populácie kôz živí pôvodnej vegetácie a súťaží s obrie korytnačky pre potraviny, doslova jesť niektoré druhy do zániku.
Vzhľadom k tomu, cestovný ruch začal na Galapágy v roku 1960, boli stanovené ochranárske úsilie na ostrovoch. Charles Darwin Foundation, nezisková organizácia zameraná na vedecké bádanie a zachovanie, je aktívna účasť. Navyše ekvádorský vláda zriadila 90 percent súostrovia ako prírodné rezervácie, Národný park Galapágy a Galapagos Marine Reserve.
Podľa nového zákona, osobitného režimu pre Galapágy, vláda sa snaží obmedziť migráciu , riadiť rozvoj a ochranu pôvodných druhov a ekosystémov. Avšak aj napriek úsiliu o zachovanie, Výboru pre svetové dedičstvo pridané Galapágy do UNESCO zoznamu svetového dedičstva v ohrození v roku 2007.
