V 1250 to Genghis vnuk Hulagu dokončil dobytie Perzie. Bagdad bol spálený. Hulagu dynastie, Il-khans, založil ríšu, ktorý rozširoval z Oxus do Sýrie a z Kaukazu do Indického oceánu. Il-khans založili ich kapitál u Tabriz. Na severe boli mongolskej ríše založil inými vodcovia mongolskými, ktorí sa podarilo Džingischán.
Tatar dobytie bolo katastrofálne pre Perzie. Veľká časť mužskej populácie bol zabitý, a celkový počet obyvateľov krajiny sa znížil takmer o štvrtinu. Ekonomika bola ponechaná v troskách, a mongolskí dane držal ľudí ochudobnený a zabrániť obnoveniu.
Prestavba Persie začala so vstupom Ghazan Khan na trón v roku 1295. Aby mongolského pravidlá prijateľnejšie Peržanom, on konvertoval na islam a obnoviť perzské úradníkmi na pozície autority. S ich pomocou, on kodifikoval zákony, znížené dane, prestavaný a rozšírený zavlažovanie pracuje na zvýšenie poľnohospodárskej produktivity, a robil ciest prívesu bezpečné podporiť obchod. Talianskej obchodnej kolónie v Perzii otvoril obchod s oblasťou Stredozemného mora. Shiraz, v blízkosti miesta Persepolis, sa stal centrom literatúry a umenia. S čínskeho vplyvu zavedené Tatárov, vynikajúce keramiku a iluminovanou rukopisy boli vyrobené.
V roku 1335 Il-chán ríše Splintered do množstva prakticky nezávislých štátov. V roku 1381 Tamerlane (alebo Timur), moslim potomok Tatárov a vládca Samarkande, podmanil Perzii a vytvoril veľké ríši. Jeho nástupcovi, tým Timurids, vládol až do roku 1500, kedy Peržania získal kontrolu.
Perzii ako nezávislý štát
vodcu pod kým Peržania zvrhli Timurids bol Ismail, zakladateľ dynastie Safawid. On obnovil perzskou kráľovstvo, dosahujúci až Oxus na severovýchode a Eufratu na západe. Rastúca sila pohoviek, však, viedol k častým pohraničnej konflikty. Shah Abbas (I) veľký (vládol 1586-1628) presunul jeho kapitál do vnútrozemia Isfaháne. Viedol Peržanmi vo vojne proti Turkom, 1602-18, v ktorých Turci boli zatlačení späť a Perzie získal nové územia na severozápade.
Portugalsko zmocnili perzský prístav v roku 1555. Aj keď starom karavanu trasy stratené význam potom, čo námorné trasy bola otvorená okolo mysu Dobrej nádeje, boli perzské prístavy dobrú polohu pre rozvíjajúce sa obchod medzi Európou a Indiou. V roku 1622 anglickej a holandskej pomáhal Perzii donútiť Portugalcov von, a Anglicka sa stal hlavným vplyvom v Perzskom obchodu.
V roku 1638 Mezopotámie bol trvalo pripojený Osmanskej rí
