V roku 2006, prírodné katastrofy zabil rad ľudí, v Indonézii. Viac než 5800 ľudí zomrelo na ostrove Jáva, keď hlavný zemetrasenie v máji. V júli, viac ako 600 ľudí bolo zabitých potom, čo cunami narazil do Javy. V roku 2009, Yudhoyono bol znovu zvolený.
ným cunami spôsobená podmorskom zemetrasení mimo severnej Sumatra zabila viac ako 100.000 obyvateľov ostrova v decembri 2004. Po cunami , vzťahy medzi indonézskymi vládnymi silami a nezávislosti usilujúce rebelov začal upokojiť v oblasti Aceh. V auguste 2005, dve skupiny podpísali mierovú dohodu. Aceh bol udelil väčšiu autonómiu (self-pravidlo), ktoré Parlament v júli 2006. Voľby boli držané v regióne v decembri toho istého roku.
