V roku 1903 Kolumbia odmietli povoliť Spojené štáty vybudovať kanál cez Panamskou šiji. S podporou zo Spojených štátov, Panama vystúpila z Kolumbie. Nezávislosť Panama nebola formálne reorganizovaná Kolumbiou až do roku 1921. V vážne sociálne nepokoje 1920 a rastúci tlak od roľníkov a robotníkov, viedla k programu postupnej sociálne reformy.
V roku 1932 Peru chytil časť kolumbijského územia. Liga národov urovnal spor, vracia krajinu do Kolumbie. Kolumbie, ktorý bol aktívny v hnutí Pan American od jeho počiatku v roku 1889, bol hostiteľ Pan American konferencie z roku 1948, ktorý založil Organizáciu amerických štátov.
Zatiaľ, nespokojnosť verejnosti a politická nestabilita sa stal kritická. Nepokoje vypukli v Bogote po atentáte na vodcu liberálnej strany v roku 1948. Disorder šíriť rýchlo, ako je každá politická strana sa snažila získať kontrolu nad krajinou. Policajné represie bola zvýšená ako civilné vojna zúrila v provinciách. Vojenský prevrat v roku 1953 priviedol General Gustavo Rojas Pinilla k moci. V nasledujúcom roku bol zvolený prezidentom ústavným zhromaždenia.
Rojas bol vylúčený vojenská junta v roku 1957. V rovnakom roku, liberálne a konzervatívne strany tvorili pakt pre spoluprácu v oblasti obnovenie civilnej vlády.
Aj keď nepokoje a ľavicová partizánska vojna pokračovala počas 1960, nová vláda priniesla určitú mieru politickej stability a ekonomického rastu. Verejná podpora pre alianciu znížil. Nové nepokoje nasledovali voľby roku 1970 a hrozil prežitie vlády. Dvojstranická pakt skončila v roku 1974.
Nedovolené obchodovanie s drogami sa stal rastúci problém v roku 1980 ako Kolumbia sa stala najväčším svetovým výrobcom kokaínu. V roku 1994 to bolo ukázal, že prezident, Ernesto Samper, keby získaval kampaňové príspevky od obchodníkov s drogami. Andres Pastrana, ktorý ako prvý priniesol korupciu Samper na svetlo, bol zvolený prezidentom v roku 1998. Aj keď okamžite vstúpil do mierových rokovaní s rebelmi, boje pokračovali.