Niektoré 400 francúzskej lode vyplávala z Toulonu na 19. mája, 1798. Nielenže boli lode nesúci armádu s 2.000 delostreleckých systémov, ale tiež na palube bolo 175 civilistov, naučili sa stovkami škatúľ plných vedeckých prístrojov a kníh. Ich úlohou bolo študovať všetko o starovekom Egypte.
Luck favorizoval francúzštinu
V deň pred tým, než sa plavili, búrka rozptýleného britskej lode Lord Nelson, že boli strážiť na Stredozemné more. Francúzska dosiahol Maltu pred Britmi, a chytil ostrov prekvapivým útokom. Cesta do Egypta trvalo štyri týždne, ale Nelson nemohol nájsť francúzskej lode.
Napoleon zachytil Alexandrii dňa 2. júla 1798, a pochodoval na k Káhire. U bitky pyramíd (júl 21) porazil egyptskú armádu tým, že porazí jeho hlavnú zložku, Mameluk kavalériu. Káhira bola zadržaná ďalší deň, a Napoleon začal organizovať Egypt do francúzskeho protektorátu.
Nelson konečne našiel francúzskej loďstvo a zničil ju v bitke Níl (august 1). V septembri, s britskou podporou, Osmanská ríša vyhlásila vojnu Francúzsku, jedna turecká armáda zišli v Rodos napadnúť Egypt po mori a na druhej zišli v Sýrii k útoku po zemi.
V februári 1799, Napoleon rozhodol sa odvrátiť tureckej pozemný útok tým, že vypustí útok proti Turkom v Palestíne a Sýrii. Francúzske sily dostal nič iné ako Palestíny, kde sa zmocnili Jaffa v marci, ale nedokázal vziať Acre, v apríli. Po mor vypukol v jeho armáde, Napoleon stiahol do Egypta. V júli, turecká armáda od Rhodosu pristál u Abukire. Oni presile Francúzom dve ku jednej, ale Napoleon sa zaoberal im zdrvujúcu porážku.
Teraz Napoleon dozvedel, že Second koalície (Veľká Británia, Rakúsko, Rusko, Neapol, Portugalsko a Turecko), bol vytvorený proti Francúzsku. Takmer všetky Italy bolo stratené k kombinovaných rakúskych a ruských ozbrojených síl pod velením maršala Alexander Suvorov. Napoleon sa rozhodol vrátiť do Francúzska. Dňa 20. augusta 1799, položil generál Jean Kléber vo velenia
