Whipple prvá práca na Harvarde bola kontrola správnosti fotografických dosiek na oblohe. Ak chcete úlohu zaujímavejšie, keď prezrel fotografických negatívov pre komét. V priebehu tejto práce, on objavil šesť kométy, z ktorých všetci teraz nesú jeho meno.
Čoskoro v jeho kariére, Whipple stanovené sa dozvedieť viac o meteory. Na dosiahnutie tohto cieľa, on vymyslel dve stanice fotografickú metódu merania trajektórie meteorov. Použitie kamery s rotujúcimi okenicami, Whipple fotografoval meteorov na rôznych miestach. On potom študoval na fotografické dosky určiť atmosférický ťahať meteory ', rýchlosť a obežnú dráhu okolo slnka. Whipple pokračoval v tomto výskume, ako to bolo prerušené druhou svetovou vojnou (1939 - 1945). Z jeho výskumu, on sa domnieval, že kométy sa týkali meteory a mal podobné zloženie. Táto argumentácia mu pomohli formulovať myšlienku, že kometárnych jadier sú ako špinavé snehové gule.
V roku 1932, Whipple bol menovaný inštruktorom vo astronómie na Harvardovej univerzite, postupujúci do prednáša o šesť rokov neskôr. Počas druhej svetovej vojny, on pracoval na výskume súvisiacom s vojnou na Harvard Radio Research Laboratories, zarábať prezidentskú Certificate of Merit v roku 1948 na konci vojny v roku 1945, Whipple sa vrátil k Harvarde, kde bol menovaný docentom. O päť rokov neskôr bol povýšený na profesora, pozícia, ktorú on držal až do roku 1977, kedy odišiel do dôchodku ako Phillipsa emeritný profesor astronómie. Počas jeho Harvard držby, on tiež slúžil ako predseda oddelenia astronómie.
Po jeho meteorického výskumu, Whipple študovali dráhu 40 komét vyriešiť problém, ktorý Matl vedcov. Astronómovia boli istí, prečo niektoré kométy zvýšiť svoje obežnej dráhy, zatiaľ čo iní strácajú energiu a znížiť ich obežnej dráhy. Whipple navrhol, že zloženie jadra ponúkol vysvetlenie. Keď sa kométa je ďaleko od Slnka a v chlade priestore, to sa podobá zmrznutú loptu. Ale ako kométa blíži slnko, ľad začne topiť. Keď je vrstva ľadu odparí. to spôsobí plyny a častice v ľade letieť preč od
