Whipple prispel k kozmického veku v roku 1950, kedy vytvorila celosvetovú sieť profesionálnych i amatérskych pozorovateľov sledovať satelity. V roku 1957, keď Sovieti zahájili Sputnik, prvý satelit, dobrovoľníci Whipple pozoroval a informoval o obežnej dráhe satelitu.
Od roku 1955 do roku 1973, Whipple bol riaditeľom Smithsonian Astrophysical Observatory (NKÚ), zmenární Smithsonian Institute. V tej dobe on zaujal pozíciu, organizácia bola založená vo Washingtone, DC, jedným z jeho prvých úloh bolo pomôcť presunúť sídlo do Cambridge, Massachusetts. V roku 1973, NKÚ sa spojil s Harvard College Observatory, aby sa stal Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics (CFA). Ten istý rok, Whipple stal vedúci vedecký pracovník v organizácii.
V 1960, on codeveloped mnohopočetného Mirror ďalekohľad na Mount Hopkins, v blízkosti Amado, Arizona. Prístroj bol vyrobený zo šiestich veľkých ďalekohľadov zrkadla fungujú ako jeden, a bol prvý svojho druhu. V roku 1982, Arizona zariadenie bolo premenované na observatória Fred Lawrence Whipple. Hvezdáreň, ktorý je súčasťou CfA, obsahuje jednu z najväčších zrkadlových ďalekohľadov v Spojených štátoch.
Whipple získal rad vyznamenaní skrz jeho dlhú a úspešnú kariéru. Získal šesť Donahue medaily ako uznanie šiestich komét, ktoré objavil. Iné ceny zahŕňajú J. Lawrence Smith medaily Národnej akadémie vied v roku 1949, Kepler medaily amerického združenia pre povýšenie vedy v roku 1971, a Distinguished Service Award federálnej civilné prezidenta John F. Kennedy v roku 1963. On zomrel v Cambridge, Massachusetts 30. augusta 2004.
