Do konca roka 2000 sa Taliban riadené viac ako 90 percent v krajine, ale na rozdiel od skupiny Talibanu, ako je napríklad severná alliance, mal pevnosti na severe. Pokračujúce boje zhoršili následky závažnej sucha a hladomoru.
V septembri roku 2001, vláda Spojených štátov požadovala, aby Taliban vzdať Usámu bin Ládina, ktorý bol podozrivý z organizovania teroristických útokov z 11. septembra 2001, proti Spojené štáty. Tieto útoky zahŕňali únos štyroch lietadiel, z ktorých dva boli prevezené na dve veže Svetového obchodného centra v New Yorku, čo spôsobilo ich zrútenie. Taliban odmietol požiadavky Spojených štátov. V októbri, Spojené štáty a ich spojenci, vrátane Severnej aliancii, začal trvalú vojenskú kampaň proti Talibanu a al-Kájdy proti silám v Afganistane.
Do konca novembra 2001, Taliban bol odstránený z energie a nahradiť dočasná vláda, viedol o Hamída Karzaja. Vláda bol obvinený, okrem iného, zachovanie mieru a bezpečnosti v rámci Afganistanu, až kým národná rada mohol byť zvolený a demokratické voľby mohli konať. V národných voľbách konaných v roku 2004, po prijatí novej ústavy pre krajinu, Karzaj bol zvolený prezidentom. Napriek pokroku pri formovaní novej vlády, zrážky medzi regionálnymi a etnickými súperovi pokračoval po celej krajine, čo prispieva k jeho nestabilite. Rozhodujúcu podporu pre novú vládu bola poskytovaná Organizácie spojených národov.
V auguste 2009, v Afganistane konali prezidentské voľby, a Karzaj dostal najviac hlasov. Zistilo sa však, mnoho hlasovacie nezrovnalostí, čo vedie ku rozhodujúcich voľbách je naplánované. Pred voľbami, Karzaja súper stiahol. Volebnej úradníci vyhlásil, že Karzaj vyhral presidentství.
