Napriek dohode proti skupiny vo vojne na dosiahnutie súladu s mierového plánu podpísaného päť Strednej Ameriky krajov v roku 1987, občianska vojna pokračovala. Alfredo Cristiano, strany Arena, bol zvolený prezidentom v roku 1989. V roku 1991 bola podpísaná prímerie. Občianska vojna oficiálne skončila v roku 1992 v rámci plánu, v ktorom partizánske sily súhlasil rozpustiť na oplátku pre program politických a hospodárskych reforiem, ktoré vláda. V roku 1994 v prvom povojnovom voľbách, Armando Calderon Sol, strany Arena, bol zvolený prezidentom. V roku 1998 hurikán Mitch spôsobil rozsiahle škody v krajine.
Na začiatku roka 2001, zemetrasenie v El Salvadore zabila asi 1200 ľudí a zanechal viac ako 1.000.000 bez domova. V roku 2004, Elias Antonio (Tony) Šaca bol zvolený prezidentom. Aj v roku 2004, El Salvador ratifikovalo Dohodu o Dominikánska republika a Strednou Amerikou a Spojenými štátmi americkými o voľnom obchode (CAFTA-DR). Tento zámer dohody bolo zníženie obchodných bariér medzi zúčastnenými krajinami. To vstúpil do platnosti v roku 2006.
V marci 2009, Salvadorans zvolený Mauricio Funes ľavicové Farabunda Marti Národná oslobodzovacia fronta (FMLN) prezidenta. Funes nastúpil do úradu v júni. Konzervatívny nacionalistická republikánska aliancia (ARENA), bol pri moci takmer 20 rokov. 
[1] [2]