Keď občianska vojna začala v roku 1861, Kentucky vyhlásil seba " neutrálne ", ale nakoniec sa rozhodol zostať v Únii. Kentuckians bojoval za ako Únie, ktorej prezident, Abraham Lincoln, sa narodil v štáte, a konfederácie, tiež na čele s Kentucky rodák, Jefferson Davis. Asi 70.000 mužov, vrátane takmer 24.000 černochov, vstúpil do armády v Únii, zatiaľ čo asi 30,000 muži išli do konfederačnou prevádzky. Jednotky z oboch armád obsadené časti Kentucky v rôznych dobách. Rozhodujúci zapojenie do stavu, bola bitka Perryville, v októbri 1862. vojská odboru nadol General Don Carlos Buell odrazila Confederate invázii vedenej generálom Braxton Bragg. Po celú dobu vojny, takmer v každom kraji, partizánske nájazdy boli riadené Union a sily podobný.
V období po vojne, Kentucky bol dejiskom horkej vravy. Vzhľadom na to, že zostal v Únii, nebolo predmetom rekonštrukčných opatrení. Avšak, ako bývalého otroka-držanie štátu, to stálo pred mnoho z rovnakých problémov ako stavy konfederácie.
Kentucky ekonomika bola v neporiadku. Strata 10,000 mužov ako vojnové obete a uvoľňovať otrokov spôsobili prudký pokles v produkcii potravín. Vojna tiež spôsobila pretrvávajúca nepriateľstvo medzi Kentuckians kto podporoval nepriateľské strany. Roky násilia nasledovali. Vo východných horách, dlhotrvajúci krvnej pomsty medzi komunitami a medzi klanmi-vrátane neslávne známej spor medzi Hatfields Kentucky a McCoys Západná Virgínia, mali svoj pôvod v občianskej vojny antagonizmov. Zastrašovanie bývalých otrokov bol udržiavaný Ku Klux Klan ešte niekoľko rokov po občianskej vojne.
Moderné vývoj
Ekonomika sa zotavil počas neskorej 19. storočia, podporovaný zvýšenou stavbu železnice, obnovu obchodu, vykorisťovania z dreva a uhlia zdrojov východnej Kentucky, a rozšírenie priemyslu. Napriek všeobecného ekonomického zlepšenie, však, poľnohospodárstva utrpel v dôsledku závislosti mnoho poľnohospodárov na jednej plodiny, tabak, a kolapsu cien pozemkov po paniky 1873. významné pohyby národnej protestných, ako je napríklad národný Grange, poľnohospodárov alliance, a populistická strana, ktorá hľadal reguláciu železníc a odvetví, získal podporu
