Vzhľadom k tomu, vzorky umiestnené v mikroskopov tiež podliehajú vákuu, oni niekedy podstúpiť ďalšie prípravy, aby zabezpečili, že majú pod takých extrémnych podmienkach. Biologické vzorky, napríklad, sú typicky dehydratovaná pred umiestnením v SEM. V opačnom prípade je nízky atmosférický tlak vákua by spôsobilo, že voda v biologických vzoriek, ktoré sa rýchlo odpariť, zničenie vzorky v tomto procese. Ďalšie vzorky sa zmrazí pred tým, než sú preskúmané, a ešte iné sú chemicky ošetrené tak, aby sa prežiť proces zväčšenie.
Výskumní pracovníci, ako fotografa, majú rôzne kontroly cez jednotlivé obrázky, ktoré produkujú. Zväčšenie, zaostrenie, kontrast a jas obrazu sú všetky na dosah ruky prevádzkovateľa SEM. Zatiaľ čo niektoré modely majú špeciálny hardvér pre tieto nastavenia, tým viac nedávny integrácie počítačových kontrol sa obaja znížil náklady na SEM a zjednodušené ich prevádzku.
A konečne, uistite sa, že pozorovať niektoré bezpečnostné opatrenia pri práci s prístrojom. V procese skenovanie vzoriek, SEM vytvárať malé úrovne žiarenia vo forme röntgenového žiarenia, ako elektróny pod povrchom vzorky sú vytlačená a nahradené inými elektróny. Kým röntgeny sú zo svojej podstaty nebezpečné pre človeka, nemali by ste byť o prevádzkovaní SEM príliš starosti. Väčšina nástrojov má veľmi izolovaný vzorka komora, navrhnutý na živobytie von elektrické a magnetické interferencie, takže všetky röntgenové žiarenie vznikajúce v procese zväčšenie by nemalo predstavovať hrozbu pre prevádzkovateľa. Napriek tomu, výskumní pracovníci by mali uistite sa, že dodržiavať všetky bezpečnostné pokyny týkajúce sa prevádzky SEM na ich inštitúcie.
