Ale takmer každý prospech pripisované etanolu E85, je kritik je pripravený s kontrapunkt. Napríklad výroba etanolu vyžaduje spaľovanie neobnoviteľných fosílnych palív zasadiť, rast, a zber plodín a prevádzkovať rafinérií. Cornell University poľnohospodársky odborník hovorí, že, vzhľadom na náklady na energiu na pestovanie obilia a prevedením na etanol, je potrebný oveľa viac energie na výrobu etanolu, než sa získa. (University of California štúdium, naopak trvá na tom, moderné farma účinnosť znamená etanol generuje viac energie, než potrebuje k produkcii.) Kritici tvrdia, že výroba etanolu odkláňa kukurice, ktoré by mohli byť použité na kŕmenie zvierat a ľudí, čím sa zmenšuje dodávku kukurice a zvýšenie cena potravín.
Pokiaľ ide o otázky životného prostredia, mnoho nových etanol rafinérie hľadajú spôsoby, ako znížiť náklady pomocou uhlia ako zdroj energie. Väčšina teraz beží na zemný plyn. Uhlie stojí menej, ale znečisťuje viac. A Agentúra pre ochranu životného prostredia USA tvrdia, že uvedenie viac etanolu E85 flex fuel vozidla na ceste bude mať za následok viac vo vzduchu chemikálie, ktoré vytvára smog, výhražné nárast respiračných ochorení.
Kritici tiež poukazujú na záťaž pre daňových poplatníkov. Federálna vláda, spolu s niektorými poľnohospodárskymi štátmi, má po desaťročia dotovanej produkcie etanolu pod zástavou podpory poľnohospodárskych podnikov. Kritici tvrdia, že hlavnými príjemcami miliárd dolárov daňových výnimiek a stimulov sú obrie Agropodnik a firemných rafinérie. V roku 2003, Illinois sa stal prvým štátom na odstránenie dane z predaja u E85 etanolu paliva. A federálna vláda poskytuje až 30.000 $ v daňových úľav na čerpacích staniciach, ktoré prevádzajú pumpy E85 etanolu paliva.
Na päty energetického zákona podpísal do práva v roku 2005, ktorý vyžaduje, aby rafinérie produkovať viac etanolu v najbližších desaťročí, prezident Bush prisľúbil federálnej dolárov financovať ďalší výskum nových metód výroby etanolu. V rovnakej dobe, federálna regulátori rozochvený zmierniť administratívne zaťaženie výrobu etanolu navrhovali uvoľnené limity na množstvo znečistenia ovzdušia sa tieto rafinérie by byť umožnené, aby generovať.
Tento