Na jar dočasné oddiel vojakov bol poslaný späť do keelboat, nesúci správu o ceste k dnešnému dňu pre prezidenta Jefferson. Oni tiež vydal sa k nemu päť krabica obsahujúce indickej články, rastliny, kožušiny a iné vzorky, a klietky živých zvierat.
Cesta obnovené
Dňa 8. apríla 1805, expedície vyrazila opäť v dvoch pirogues a šesť novo vyrobený dlabané kanoe. Missouri čím ďalej ťažšie sa orientovať. Mesiac-dlhý dopravné bolo vyžadované, aby sa vyhla Great Falls, miesto dnešného Great Falls, Montana. Nakoniec expedície dosiahla bod, kedy Missouri rozdeľuje do troch vidlíc. Sledovali severná vetva, ktorý oni pomenovaný The Jefferson, aby jej prameňom v horách. Tu Lewis a tri ďalšie prešiel Lemhi priesmyku. Štyri boli prví bieli muži prekračovať Continental sa delí na sever od Nového Mexika a na juh od Kanady.
V auguste expedície stretla bandu Shoshoni Indov. Dramatickým zhodou okolností, šéf sa ukázalo, že je brat SACAJAWEA, kto ako dieťa bol zajatý zo svojho kmeňa. Lewis a Clark menil tovar pre kone a, s indickým sprievodcom, strana urobil jeho cestu cez hory Bitterroot rozsah prostredníctvom prihrávkou blízkosti dnešnej Lolo, Montana.
Chodník bolo ťažké sa mrazivé počasie, a zásobovanie potravinami krátka. Ale prichádza z hôr sa opäť našli plavebných a loviská. Dugout boli kanoe, kone odišiel s priateľskými indiánmi, a prieskumníci boli na vode ešte raz. Zostupne Clearwater, had, a Columbia rieky, prišli k Tichému oceánu 15. novembra 1805.
Second Winter Camp
Zimný tábor bol vybudovaný na malom rieke západne od dnešnej Astoria, Oregon, a menoval Fort Clatsop, po dominantnej indiánskeho kmeňa v tejto oblasti. Tu prieskumníci strávili mizerný zimu, trpí nekonečné dažďom, monotónna stravou a nedostatkom tovaru obchodu pre nákup potravín a zásoby od indiánov. Obchodné lode boli známe prísť do Columbie, a strana dúfal príchod Spojených štátov plavidla, ale nikto sa objavil v čase, keď tam boli. Po preskúmaní svojich poznámok na zemi, prešli, Lewis a Clark sa rozhodol ich cesta nebola najkratšie a najjednoduchšie, a že ostatní musia byť preskúmané na spiatočnej ceste.
Spiatočné ceste
Expedícia opustila Fort Clatsop 23. marc
