Po prekročení Continental sa delia, strana oddelená, Lewis pričom jednu skupinu na novej severnej trase, a skupina Clarkova skúmanie na juh. Lewis založená krátku trasu medzi riekou Clearwater a Great Falls na Missouri. On tiež preskúmal Marias rieku, kde jeho strana mal potýčku s Indiánmi. Clarkova skupina, sprevádzaný SACAJAWEA, ktorý bol v známom krajine, sa vrátil v podobe rieky Yellowstone. Expedície reassembled kde Yellowstone sa pripojí k Missouri.
Na Mandan indickej dedine, jeden člen strany, John Colter, získal povolenie opustiť výpravu za života lovec. Vrátil sa do hôr, a je veril k boli prvý beloch, ktorý vkročil do čoho je teraz Yellowstonský národný park. Na Mandan, tiež, SACAJAWEA, ktorého verné služby bola neoceniteľná, opustil večierok s jej rodinou.
Expedícia dosiahla St. Louis 23. septembra 1806. To bolo dva roky, štyri mesiace a deväť dní potom, čo odišiel. Žiadne slovo dostal od svojich členov od návratu kýlu-lode rok a pol pred, a oni dostali sa do stratena. Slovo ich bezpečnú a úspešnú cestu bol prijatý s radosťou a hrdosťou prezidenta Jeffersona a celých Spojených štátoch.
Správy, ktoré členovia expedície
President Jefferson nariadil, že poznámky byť prijaté na geografické rysy výlet, indiánske kmene, rastliny a zvieratá, a mnoho ďalších tém. Lewis držal žurnál a Clark denník. Niekoľko poddôstojníckej muža tiež zapísala svoje pripomienky. Tieto záznamy boli považované za súkromné vlastníctvo, však, a nikdy neboli podané s ministrom vojny. Kongres robil žiadne úsilie získať správy zverejnené, a obaja vodcovia boli príliš zaneprázdnený inými záležitosťami.
Mnoho verzií časopisov boli vytlačené na súkromné náklady v priebehu rokov, ale až 1904-1905 bol kompletný kolekcia publikoval (sedem objemy a atlas, editoval Reuben Gold Thwaites). Skrátená verzia, Denníky Lewis a Clark (1953), bol zostavený Bernard De Voto.
