Existujú však aj iné, viac Konkrétne výhrady, ktoré nie sú tak jednoduché, pre vedcov prepustiť. Jedným z nich je, že genetické modifikácie často vyžaduje vedcov, aby sa gény z jedného organizmu a vložte ich do úplne nesúvisiaceho organizmu. To by nemuselo nutne diať inak, a tak protiargument, že sme boli robí to po stáročia nie je naozaj platiť.
Ďalšie námietkou je, že sme si úplne istý, čo je dlhodobý vplyv na životné prostredie bude. Čo sa stane, keď gény z modifikovaných plodín nájsť svoju cestu do divokých druhov? Je ťažké posúdiť, čo presne dopad modifikovaných plodín mohlo mať na pôvodných druhov rastlín. To by mohlo byť možné, že iné druhy rastlín by mohla vyvinúť podobné rysy do modifikovaných plodín. Ak buriny vyvinúť rezistenciu voči herbicídom, sme zase na začiatku na tomto fronte.
Niektorí sa obávajú, že zavedením genetického materiálu do plodín, môžu vedci tiež vytvoriť nové alergény. V Spojených štátoch, Food and Drug Administration kladie prísne predpisy o geneticky modifikovaných potravinách, ktoré obsahujú rozsiahle alergénne testy. To môže byť dokonca možné odstrániť alergénne zložky v existujúcich jedla a zaistenie ich bezpečnosti pre ľudí, ktorí by inak museli zabrániť tomu, aby druh jedla.
Pest odolné plodiny by mohla viesť k niekoľkým problémom. Poľnohospodári môže používať viac chemikálií na liečbu plodiny geneticky odolať jedy. Tieto chemikálie by mohli vybudovať toxíny v pôde alebo presakovať do podzemnej vody. Geneticky modifikované plodiny s toxickými proteíny, ktorých cieľom je odvrátiť škodcom mohli mať vplyv aj iné druhy. Na druhej strane by poľnohospodári nie je nutné používať ako veľa pesticídov pri pestovaní plodín s vstavaným-in proti škodcom repelent. Niektoré štúdie naznačujú, že tým, že zníži závislosť od pesticídov, môžu niektoré druhy v skutočnosti prospech z prechodu na geneticky modifikovaných plodín.
K dispozícii je tiež strach medzi niektoré poľnohospodárov, že biotechnológia by mohla viesť k poklesu biodiverzity. Pokiaľ nájdeme konkrétne porasty, ktoré sú ziskové a ľahko rast, môžu poľnohospodári opustiť iné odrody v prospech modifikované plodiny. Zníženie rozmanitosti by mohlo viesť k nebezpečnými následkami. Celé populácie plodín mohol zomrieť, či zasiahnutá chorobou. Rozmanitosť môže tiež pomôcť udržať pôdu zdravú a zabrániť toxíny z budovy v priebehu času.
Nakonie