The STM funguje takto :.
Tento proces je veľa ako starý fonograf, kde ihla je špička a drážky vo vinylovej platne sú atómy. V STM tip pohybuje nad atómovej obrysu povrchu, s využitím tunelovanie prúdu ako citlivý detektor atómovej pozície.
STM a nové variácie tohto mikroskopu nám umožňujú vidieť atómy. Okrem toho je STM môže byť použitá pre manipuláciu s atómami, ako je znázornené tu :.
Atómy môžu byť umiestnené na povrchu pomocou STM hrotu, vytvorenie vlastného vzor na povrchu
Foto s láskavým NIST Foto zdroj: Almaden Research IBM labs
Atómy môžu byť presunuté a lisované, aby sa rôzne zariadenia, ako sú molekulárne motory (pozri Ako Nanotechnológia bude pracovať pre podrobnosti).
Stručne povedané, veda v 20. storočí odhalil štruktúru atóm. Vedci sa teraz vykonávanie experimentov odhaliť detaily štruktúry jadra, sily, ktoré ju držia pokope.